居正还忧虑到俺答身后，部下分裂，固然不易统制，倘使完全为土蛮吸收，更成为朝廷底大害。八年、九年之间，来往于居正胸中的便是这许多问题。在书牍中一一可指。
辱示虏情，一一领悉。顺义病既狼狈，岂能复起？土蛮素无远略，且与西部不睦，岂肯为之勤兵报怨？切尽（即切尽台吉、俺答侄孙。）之请，亦必不能成，虏势穷蹙可见矣。顺义一故，变态百出，顾吾所以应之何如？此事当劳公经画，然拓土开疆，安边服远，亦在于此。今宜事事设备，预为之图，以待其变可也。（同卷《答宣府总督郑范溪》。按即郑洛。）
近得西部消息，言顺义病已沈锢，部下酋长，各自为心。此酋死，虏中当大乱，恐土酋将乘其敝，诸制御方略，愿公预图之，预练兵积食，密于自治，以待其变耳。（同卷《答宣府张巡抚》。按即张佳胤。）
黄酋桀骜，殊为可恶，然闻此酋素狂躁无礼，倏忽喜怒。彼见其父病中，与之修好，遂炰烋妄言，然非有谋画素定也，但安静以驭之，严备以待之，毋轻徇其请，毋激致其怒，彼计沮气衰，将自敛矣。近闻已就羁绁，入市有日，未知究竟何如。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
两奉华翰，一言顺义求讨，一言黄酋桀骜，详观来文与公回谕，悉与鄙见悬合，敬服。黄酋狂躁，反复不常，乃其故态，其言作反，未必实有此谋，但虚吓耳。惟安静以处之，严备以待之，久之计沮气衰，伎俩已尽，自当入苙矣。彼不来市，我亦省费，不必责其来补，但移书顺义责以负约，使屈在彼。彼敢来犯，即简锐击之，若不来犯，亦不必往讨也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪》。按题衔误。）
黄酋孤穷之虏，无马可市，但肆言恐吓，欲白骗耳。今既稍有所获，来市恐未有期。其市不市，亦无足为轻重，不必固要之，中彼要挟之计。然此虏轻躁寡谋，骄盈已极，若以计图之，亦可获也。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
黄酋近闻已赴西市，惟镇静以处之。彼之伎俩有尽，终当入苙也。差人回，渠有何说？若只寻常进赏之言，惟付之不问耳。上酋已入辽左，蓟门亦甚戒严，西酋诸部，皆有随行者。闻顺义夙疾又发，冬春之间，恐难起也。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按崌崃即佳胤，题衔误。）
以上都是万历九年正月以前的事。经过正月初五神宗传诏警戒以后，各边巡视更加吃紧，郑洛在边界上获到黄台吉部众，居正立即和郑洛说：
黄酋部众作贼，我所擒者，系被至亲，谅所欲得者，且勿轻与之，待顺义罚处如约，另立誓词，将往年横索等项，一一改图，然后遣之。前奉圣谕，方以边事为念，会华翰至，即封上御览，以见公筹边之功。此后如有重大虏情，密示于仆者，宜具衔禀报，当即以原帖奉奏也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪传备边》。按题衔误．）
青台吉对于中国表示服从，但是其弟满五大仍和土蛮勾结，土蛮入犯辽东的队伍中，时时有青台吉底部属。因此居正对青台吉，不能放心，但是他主张交付俺答，增加俺答底责任，便是增加朝廷底威信。居正和张佳胤屡次说过：
来谕谓战可恃而后和可坚，最为得策。惟公著实行之，不徒为目前支吾之计，边圉幸甚。青酋东行祭神，亦往年常事，但载甲以行，委属可疑，已行该镇防备。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按题衔误。）
青酋既认二弟东犯，亦见畏顺，俟其回巢，罚处为当。然此酋与东虏合从，不独今岁为然，今虽罚惩，恐亦不能终禁，此后但责令探得东虏作贼的耗，即飞报我知，使我得准备，亦足以明彼心迹。即去秋土蛮入辽左，其中亦岂无贡市之夷，幸大同、山西于市场上侦得消息，密以告仆，即夙戒蓟辽，整旅以待，故无大失，然亦未曾深究西虏也。（同前）
辱示，青酋既有罚处二弟之意，宜就机告于顺义处之。黄酋之不直东虏，岂是忠心？彼盖亦欲效东虏所为，顺义所制不得肆，见东虏东掠西市，两利并获，故不平于心耳。……公所谕其来使，词严义正，足以尊朝廷之体，消逆乱之萌，须著落顺义处之。彼虽老，素为诸部所畏也。鄙意初谓不必奏闻，后思其事关系颇重，似非诸公所能自了者，待计划已定，期于必遂，乃以上闻可也。然犬羊无信，惟利是趋，即经此处分，他日亦不能缚其手足。此后宜责令侦得东部约从消息，即飞报我知，在彼得阳明其心迹，在我得阴为之备。即今秋土蛮纠众犯辽，其中亦有西虏，幸贾大同、（大同巡抚贾应元，即春宇）高山西（山西巡抚高文荐）于贡市时，得些消息，走报于我，即夙儆该镇，预为之备，故虏虽众，而在我无失。比者宁前虏原不多，而在我反有损折，此其豫与不豫相远矣。近得郑公书，只云青酋部众东犯之事，未审虚的。此言过矣！夫虏犬羊也，能保其不变乎？蓟镇属夷，岁岁人贡，亦岁岁作贼，辽人不能归咎于蓟镇，岂能责望于宣大乎？夷情多变，推在随宜审处之耳。（同上）
九年正月，推行一条编法，同时下令裁减诸司冗官，及各省司、府、州、县官凡一百六十余员。居正在大政方面，还是著著不懈地进行。同时期里，神宗底心绪，也似乎安定下来了。居正奏请用翰林官更番侍直，他说：
臣等伏睹皇上近日以来，留神翰墨，一切嬉游无益之事，悉屏去不御，仰惟圣学该洽，睿志清明，臣等不胜庆忭。夫人主一心，乃万化从出之原，亦众欲交攻之会，必使常有所系，弗纳于邪，然后纵逸之念不萌，而引诱之奸不入。故虽笔札小技，非君德治道所关，而燕闲游息之时，借以调适性情，收敛心志，亦不悖于孔氏游艺博文之指，比之珍奇玩好，驰骋放佚之娱，则相去远甚，未必非皇上进德养心之一助也。但臣等窃见前代好文之主，皆有文学之臣，载笔操觚，奉侍清燕，如唐有天策、瀛洲之选，供奉、待诏之员，宋有秘阁待制、二馆著作，或承诏登答，或应制赓酬，皆于语言文字之中，微寓风劝箴规之益，即今之翰林官是也。国朝建置翰林，于一榜进士中，拔其英俊特异者，除授此官，固欲储养德望，以备启沃，任枢机，然文史词翰，撰述讨论，亦其本等职务，皇上即有任使，不必他求。如日讲诸臣，皆文学优赡，臣等慎选以充，见今记注起居，日逐在馆供事外，其余见任翰林各官，亦皆需次待用者。臣等拟令分番入直，每日轮该四员，与同日讲官，在馆祗候。皇上万几之暇，如披阅古文，欲有所采录，鉴赏名笔，欲有所题咏，即以属之诸臣，令其撰具草稿，送臣等看定，然后缮写，呈进圣览。或不时召至御前，面赐质问，令其发摅蕴抱，各见所长，因以观其才品之高下，他日量能擢才，自可断于圣衷；且诸臣因此，亦将自庆遭逢，益图称塞，争相淬励，以求见知于上，其于圣明辨材审官之道，亦默寓于中矣。臣等不胜惓惓愿忠之诚。（奏疏十《请用翰林官更番侍直疏》）
这是一篇很平常的奏疏，但是在这篇奏疏里，透出居正那番希望神宗亲贤臣，远小人的忠恳。
九年春间，重新提出外戚恩荫的问题。万历七年，神宗后父王伟封永年伯，居正提出嘉靖八年会议底结果，指明只能“以荣终身”，当时神宗没有注意。现在神宗派文书房官邱得用传谕内阁，将王伟弟王俊、男王栋、加恩授职，居正随即拟定奏复。邱得用又来了，口传圣谕道：“正德年间，皇亲夏助等，俱授锦衣卫指挥等官世袭，今何止授千户，又无世袭字样？”这是诘问，也有一些不满。居正很灵敏地把王俊底官阶提高，但是拒绝给予世袭字样。他说；“仰推皇上笃眷中宫，加恩外戚，此乃情理之至，臣等敢不仰承。”但是他随即指出理由，使神宗不能不接受。居正说：
臣等恭惟祖宗定制，武职非有军功，不得世袭。正德年间，政体紊乱，至世宗皇帝，以聪明至圣，入承大统，将以前敝政，一切改正，以复我祖宗之旧，正今日所当遵守者。当先帝龙飞之日，与皇上嗣统之初，加恩陈、李二家，例止于如此。今皇上虽欲优厚外戚，讵可逾于两宫皇太后之家乎？是臣等所拟，乃三朝见行事例，非敢擅为裁抑也。今奉圣谕令臣等改拟，臣等谨钦遵，斟酌近例，拟将王伟男王栋授锦衣卫指挥佥事，弟王俊授锦衣卫正千户，比之两宫皇太后之家，实为相等，至于世袭一节，则祖宗旧制，决不敢违越也。臣等又惟皇上与中宫圣寿万年，将来皇储兆庆，绳绳振振，推恩戚里，固未可量，似亦不在此一时也。伏望圣明俯鉴臣等愚诚，特赐俞允，不胜幸甚。（同卷《议外戚子弟恩荫疏）
这又是一个小小的胜利，四月十八日，他更直接揭出神宗底浪费，语气甚至波及慈圣太后。
十八日文华殿日讲官讲毕以后，神宗退到后殿。居正进来，先讲《谟训类编》，把列朝圣训实录讲过以后，随即进呈南京给事中传作舟底奏疏。
“今江北淮、凤，及江南苏、松等府，连被灾伤，民多乏食，徐、宿之间，至以树皮充饥，或相聚为盗，大有可忧，”居正说。
神宗问道：“淮、凤频年告灾，何也？”
淮是淮安府，凤是凤阳府，是现在江苏、安微两省淮河流域的地方。居正说，“此地从来多荒少熟，即如训录中所载，元末之乱，亦起于此。今当大破常格，急发赈济以安之。臣等拟令户部议处，动支各该州、县库银仓谷。不足，则南京见贮银米，尽有赢余，可以协济。民惟邦本，愿特加圣心。”